В режиме Заменить, программа, проходя по файле, заменяет содержание идентификатора текстом, указанным вами. Чтоб изменить текст, нажмите справа текстового блока чёрный треугольник. Чтоб загрузить текст с файла, нажмите чёрный плюсик.

Например, вы имели файл:
Текст 1
  <!--ID=menu//-->
Любая ссылка или текст
  <!--endid//-->
Текст 2

Вводите текст для замены:
Другая ссылка.

Запускаете программу, выбираем улиту MID, не забивайте ввести имя идентификатора, жмём Пуск. Если одерживаем - Работу завершен - всё нормально, программа нашла нужный идентификатор и заменила его. Имеем новый файл:
Текст 1
  <!--ID=menu//-->
Любая ссылка.
  <!--endid//-->
Текст 2

Программа работает не только с любым текстом. Чтоб вписать ссылку, вам надо записать ее html-код: <a>…

Вот и всё. Не забудьте прочесть правила создания идентификаторов.

Справка отдельно о режымах работы:
Заменить
Дописать
Очистить